Perkumpulan Gastroenterologi Indonesia (PGI) dibentuk sebagai kristalisasi gagasan yang telah dirintis sejak tahun 1969 guna teruwujudnya wadah komunikasi dan pengembangan ilmu gastroenterologi di Indonesia. PGI didirikan pada tanggal 25 Mei 1975 di Jakarta yang merupakan badan otonom yang bernaung di bawah Ikatan Dokter Indonesia (IDI), dan berazaskan Pancasila serta Undang-Undang Dasar 1945.

PGI bertujuan menghimpun dan mempererat hubungan antar anggota di seluruh Indonesia, memupuk persatuan serta meningkatkan kesadaran akan pengembangan pengetahuan gastroenterologi untuk diamalkan bagi kepentingan kesejahteraan bangsa pada khususnya dan masyarakat pada umumnya, mengadakan dan memelihara hubungan dengan persatuan dokter spesialis penyakit dalam baik di dalam dan luar negeri, memberikan asupan kepada pemerintah atau institusi formal lain mengenai tindak profesi di bidang gastroenterologi, hepatologi dan endoskopi saluran cerna dalam rangka peningkatan dan perlindungan bagi masyarakat dan melakukan fungsi pendidikan / pelatihan yang dikaitkan dengan program pendidikan dokter spesialis yang terkait.

Berdasarkan data anggota, saat ini PB PGI memiliki sekitar 650 dokter yang terdiri dari dokter spesialis penyakit dalam, konsultan gastroenterohepatologi, spesialis anak, spesialis bedah digestif, spesialis radiologi dan spesialis patologi anatomi. Susunan Organisasi Perkumpulan Gastroenterologi Indonesia terdiri dari: (1) Badan Legislatif (Kongres Nasional dan Konferensi Kerja Nasional); (2) Badan Eksekutif (Pengurus Besar dan Pengurus Cabang); (3) Pengurus Besar Gabungan, merupakan koordinasi antara Perkumpulan Gastrointestinal Indonesia (PGI), Perhimpunan Endoskopi Gastrointestinal Indonesia (PEGI), dan Perhimpunan Peneliti Hati Indonesia (PPHI); (4) Badan Khusus (Dewan Pertimbangan Keahlian (DPK)), Forum Guru Besar Gastroentero-Hepatologi, dan Badan-badan lain yang diperlukan. 

Dengan adanya PGI, diharapkan terjalin koordinasi yang baik di antara dokter spesialis di bidang ini, meningkatkan pelayanan kesehatan kepada masyarakat, dan terus mengembangkan ilmu gastroenterologi di Indonesia.